Đối tượng nghiên cứu của Đông y và Tây y đều là sự sống, sức khỏe và bệnh tật của con người. Mục đích của cả hai nền y học đều là tìm ra những phương pháp bảo vệ sức khỏe và chữa bệnh hữu hiệu. Tuy nhiên trên thực tế do hoàn cảnh lịch sử, sự khác biệt về văn hóa và phương pháp nhận thức (nhận thức luận) nên đã hình thành những hệ thống lý luận và phương pháp thực hành khác nhau.
Trước hết, Đông y và Tây y được xây dựng trên nền tảng của những triết thuyết không giống nhau. Vấn đề đầu tiên cần lưu ý đó là nhận thức của Đông y về sinh lý và bệnh lý không căn cứ vào hình trạng giải phẫu thực thể, mà xuất phát từ các chức năng.
Các triết thuyết còn dẫn đến những hệ thống thực hành khác nhau. Có người nói: “Đông y chữa người bệnh, còn Tây y chữa bệnh của người“. Có người còn nói: “Đông y chỉ thấy rừng mà không thấy cây, Tây y chỉ thấy cây mà không thấy rừng“. Nói như vậy tuy có phần ngoa ngoắt phóng đại, nhưng việc Đông y coi trọng cách tiếp cận tổng quát – toàn bộ “khu rừng”, còn Tây y coi trọng những chi tiết cụ thể về từng “cái cây” thì đúng là sự thật không thể phủ nhận.
